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可視化分析平臺(tái)

無(wú)需編程、隨想隨做

標(biāo)準(zhǔn)化分析：可視化操作，參數(shù)自定義，無(wú)需編程即可做生信分析

個(gè)性化分析：深入解讀，無(wú)需等待溝通結(jié)果，隨想隨做

公共數(shù)據(jù)挖掘

探索數(shù)據(jù)背后的生物學(xué)價(jià)值

公共測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)：一鍵下載、整合分析

32639條水稻基因功能信息

功能信息涵蓋

公共數(shù)據(jù)分析思路

分析思路1

共表達(dá)分析中，整合大量相關(guān)公共樣本測(cè)序數(shù)據(jù)，可構(gòu)建出相較于常規(guī)樣本量下可靠度更高的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，從而基于該網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行更加準(zhǔn)確的后續(xù)分析：a）預(yù)測(cè)目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子的下游調(diào)控基因、目標(biāo)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子；b）預(yù)測(cè)ncRNA與mRNA之間的靶向關(guān)系；c）基于網(wǎng)絡(luò)中已知功能基因推測(cè)同網(wǎng)絡(luò)中其他功能未知基因功能；d) 將每個(gè)共表達(dá)模塊分別作為一個(gè)整體，計(jì)算其與各組織或各發(fā)育時(shí)間點(diǎn)之間的相關(guān)性，建立各組織相關(guān)或各時(shí)期相關(guān)基因表達(dá)網(wǎng)絡(luò)……

支撐文獻(xiàn)：

[1] Wisecaver JH et al. A Global Coexpression Network Approach for Connecting Genes to Specialized Metabolic Pathways in Plants. Plant Cell. 2017
[2] Yu C et al. Transcriptome dynamics of developing maize leaves and genomewide prediction of cis elements and their cognate transcription factors. Proc Natl Acad Sci . 2015

分析思路2

研究某一類基因的轉(zhuǎn)錄水平在不同處理下（或不同組織部位間、或不同發(fā)育時(shí)間點(diǎn)等）的變化規(guī)律，可整合多個(gè)類似研究中的公共測(cè)序數(shù)據(jù)來(lái)共同揭示該變化規(guī)律，使結(jié)果更加可靠。

支撐文獻(xiàn)：

[1] Patil G. et al. Soybean (Glycine max) SWEET gene family: insights through comparative genomics, transcriptome profiling and whole genome re-sequence analysis. BMC Genomics. 2015

[2] Matthijs M et al.Profiling of the Early Nitrogen Stress Response in the Diatom Phaeodactylum tricornutum Reveals a Novel Family of RING-Domain Transcription Factors. Plant Physiol. 2016

其他分析思路

1. 整合同一物種公共測(cè)序數(shù)據(jù)，構(gòu)建物種完備轉(zhuǎn)錄本序列參考集，用于后續(xù)功能分析。

支撐文獻(xiàn)：

Iyer MK et al. The landscape of long noncoding RNAs in the human transcriptome. Nat Genet. 2015
2. mRNA-ncRNA聯(lián)合分析中，利用公共數(shù)據(jù)補(bǔ)充其中一種類型的RNA測(cè)序數(shù)據(jù)。

支撐文獻(xiàn)：

Liu X et al. MicroRNA-mRNA regulatory networking fine-tunes the porcine muscle fiber type, muscular mitochondrial respiratory and metabolic enzyme activities. BMC Genomics. 2016

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