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生信專用服務(wù)器

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產(chǎn)品簡(jiǎn)介

百邁客生信專用服務(wù)器可以提供從工作站到機(jī)架式服務(wù)器的各種硬件配置,且可以根據(jù)您的計(jì)算類型,合理配置CPU數(shù)目和內(nèi)存大小,實(shí)現(xiàn)硬件資源的最優(yōu)組合。

百邁客生信專用服務(wù)器系統(tǒng)的優(yōu)勢(shì)

1、硬件:根據(jù)用戶的計(jì)算需求,我們可以提供從工作站到機(jī)架式服務(wù)器的各種硬件配置,且可以根據(jù)您的計(jì)算類型,合理配置CPU數(shù)目和內(nèi)存大小,實(shí)現(xiàn)硬件資源的最優(yōu)組合。

2、軟件:在基礎(chǔ)版中,根據(jù)用戶需求我們安裝了常用生信軟件;進(jìn)階版中,我們將常用軟件封裝、串聯(lián)成分析模塊,通過(guò)單行命令即可完成很多常規(guī)分析內(nèi)容,如基因表達(dá)量計(jì)算、突變檢測(cè)、基因功能注釋等,讓用戶開(kāi)機(jī)即可開(kāi)始生信數(shù)據(jù)的分析。

基礎(chǔ)版最低配置方案
組成單元 配置內(nèi)容 單位 數(shù)量
塔式服務(wù)器
塔式服務(wù)器

(16核,64G內(nèi)存,16T存儲(chǔ))

T640塔式服務(wù)器具體配置如下:

–?2個(gè)因特爾至強(qiáng)?銀牌4110?CPU(8核/16線程,?2.1GHz,?9.6GT/s,?11MB?Cache)

–?4根16GB?DDR4-2666MT/s服務(wù)器內(nèi)存

–?2塊600GB?10K?SAS?12Gbps?2.5英寸硬盤(pán)

–?4塊4T?7.2K?12Gbps?3.5英寸硬盤(pán)

–?PERC?H730P?RAID控制器?2GB?緩存

–?2個(gè)10Gb?網(wǎng)口

–?2個(gè)750W服務(wù)器電源

–?3年4小時(shí)上門(mén)服務(wù)(7*24*4)

臺(tái) 1
顯示器
顯示器 DELL?U2417H?23.8英寸顯示器 臺(tái) 0
集群系統(tǒng)軟件
操作系統(tǒng) CentOS?Linux 1
編譯開(kāi)發(fā)環(huán)境 GNU?C/C++編譯器
GNU?Fortran77/90編譯器
GNU?Debugger
并行環(huán)境 OpenMPI
生物信息常用軟件 20款生信軟件部署,支持用戶指定 1
生物信息常用數(shù)據(jù)庫(kù) 10個(gè)免費(fèi)數(shù)據(jù)庫(kù)的下載及部署,支持用戶指定 1
維護(hù)
1年維護(hù)服務(wù) 包括每年2次系統(tǒng)巡檢,系統(tǒng)故障處理(工作日4小時(shí)響應(yīng)) 1
總計(jì)

注:硬件價(jià)格變化快,以最終簽訂合同時(shí)為準(zhǔn)

進(jìn)階版最低配置方案
組成單元 配置內(nèi)容 單位 數(shù)量
塔式服務(wù)器
塔式服務(wù)器
(16核,64G內(nèi)存,16T存儲(chǔ))
T640塔式服務(wù)器
具體配置如下:
–?2個(gè)因特爾至強(qiáng)?銀牌4110?CPU(8核/16線程,?2.1GHz,?9.6GT/s,?11MB?Cache)
–?4根16GB?DDR4-2666MT/s服務(wù)器內(nèi)存
–?2塊600GB?10K?SAS?12Gbps?2.5英寸硬盤(pán)
–?4塊4T?7.2K?12Gbps?3.5英寸硬盤(pán)
–?PERC?H730P?RAID控制器?2GB?緩存
–?2個(gè)10Gb?網(wǎng)口
–?2個(gè)750W服務(wù)器電源
–?3年4小時(shí)上門(mén)服務(wù)(7*24*4)
臺(tái) 1
顯示器
顯示器 DELL?U2417H?23.8英寸顯示器 臺(tái) 0
集群系統(tǒng)軟件
操作系統(tǒng) CentOS?Linux 1
編譯開(kāi)發(fā)環(huán)境 GNU?C/C++編譯器
GNU?Fortran77/90編譯器
GNU?Debugger
并行環(huán)境 OpenMPI
生物信息常用軟件及分析模塊 轉(zhuǎn)錄調(diào)控工具包,26款;20款生信軟件部署,支持用戶指定 1
生物信息常用數(shù)據(jù)庫(kù) 10個(gè)免費(fèi)數(shù)據(jù)庫(kù)的下載及部署,支持用戶指定 1
維護(hù)
1年維護(hù)服務(wù) 包括每年2次系統(tǒng)巡檢,系統(tǒng)故障處理(工作日4小時(shí)響應(yīng)) 1
總計(jì)

注:硬件價(jià)格變化快,以最終簽訂合同時(shí)為準(zhǔn)

可部署常用生信軟件
軟件類型 軟件名稱
基因組組裝相關(guān)軟件

abyss、ALLpath、Canudbg2olc、ECToolsfalcon、HGAPIDBAintemap、JabbaLoRDEC、MECAT

、PBSuitepilon、Proovread、SOAPdenovoSpades、trinity、velvet

基因組分析相關(guān)

AUGUSTUSCircos、CRT、DIAMOND、EVM、ExonerateGeMoMa、genBlastA、GENSCANGLEAN

、GlimmerHMM、GMAP、infernal、islandpath_dimob、KrakenMEGAN、metaAnnotatormetaphlan

PASA、phispyprodigal、prokka、RepeatMasker、TransDecoder、TransGeneScan、tRNAscan、tRNAscan-SE

比較基因組軟件 Orthmcl、MusclePAML、phymlMCScanX、nucmerHGT_Finder、Mugsy、picrust
注釋相關(guān)軟件 blast2goDIAMOND、InterProScankohgpi、KrakenMEGAN、metaAnnotator、metaphlan
比對(duì)軟件

Blast、hmmer、blasr、bwadaligner、Bowtie2、BlatMECAT、genBlastA、bowtie2GMAP、bwa

、tophat、hisat、bismark、ssearch36

系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)軟件 MEGA、Phyml、RAxML、Exabayes、Mrbayes、figtreesplitstree、Phylip
分化時(shí)間分析 PamlBeast2
群體歷史動(dòng)態(tài)分析 psmc、msmc
基因流分析 Treemix、ANGSD、G-PhoCSMigrate-N
高離散SNP篩選 BayeScanLFMM、bayenv2
選擇清除分析 XP-CLRXP-EHH、vcftools、PopGenome
LD分析 Haploview、Plink
ka/ks分析 Yn00codeml
分子方差分析 Arlequin、poppr
全基因組關(guān)聯(lián)分析 plink2、HaploviewAdmixture、EIGENSOFT、tassel、emmax、Fast-LMM
QTL定位軟件 R/qtl、QTL?Cartographer等
遺傳圖譜排圖軟件 MSTmapOnemap
共表達(dá)分析 WGCNA等
轉(zhuǎn)錄組組裝 trinity2.4.0、cufflinks、stringtie
基因表達(dá)定量 rsem、miRDeep2、stringtie、cufflinks等
基因表達(dá)差異分析 DESeq、EBSeqedgeR、MOABS
富集分析 topGO等
蛋白互作 blast
靶基因預(yù)測(cè) RNAhybrid、miranda、targetfinder、LncTar等
聚類去冗余 cd-hit、tgicl
轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè) iTAK等
circRNA預(yù)測(cè) CIRI、find_circ、CIRCexplorer
lncRNA預(yù)測(cè) CPC、CNCI、CPAT等
SNP分析 star、GATK、Samtools
CDS預(yù)測(cè)、SSR分析 transdecoderMISA
APA分析 TAPIS
其它軟件

fastx_toolkit、flash、HiC-ProLACHESIS、lefse、MCScanXMEGA、mothurpython、qiime

R、samtools、sortmerna、stamptrimmomaticuclustusearch

注:硬件價(jià)格變化快,以最終簽訂合同時(shí)為準(zhǔn)

可部署生信分析模塊
轉(zhuǎn)錄調(diào)控工具包
(26款)
有參轉(zhuǎn)錄組分析流程 遺傳進(jìn)化工具包,
(20款)
全基因組重測(cè)序分析流程 基礎(chǔ)工具包(22款) Circos繪制
lncRNA分類及對(duì)應(yīng)基因注釋 外顯子分析流程 單因素曼哈頓圖
miRNA基因家族分類 Annovar變異注釋 繪制GO、KEGG分類富集圖
CPC編碼能力預(yù)測(cè) BreakDancer?SV檢測(cè) 繪制差異基因MA圖
topGO基因功能注釋 CNVnator?CNV檢測(cè) 繪制差異基因火山圖
差異表達(dá)基因分析 GATK突變檢測(cè) 聚類熱圖繪制
蛋白基因家族分類 SNP位點(diǎn)引物設(shè)計(jì) BLAST
共表達(dá)模式聚類分析 貝葉斯方法構(gòu)建進(jìn)化樹(shù) SAM/BAM互換
基因功能注釋 蛋白序列同源分析工具 短序列比對(duì)工具bwa
加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析 分化時(shí)間計(jì)算 根據(jù)ID列表提取fasta序列
保守序列預(yù)測(cè) 關(guān)聯(lián)區(qū)域分析 提取位點(diǎn)上下游定長(zhǎng)序列
簡(jiǎn)單重復(fù)序列分析 混池群體Fst分析 PCA分析
外顯子與內(nèi)含子預(yù)測(cè)工具 基于admixture進(jìn)行群體結(jié)構(gòu)分析 相關(guān)性分析
信號(hào)肽預(yù)測(cè) MEGA FastQC
轉(zhuǎn)錄因子注釋工具 遺傳共線性分析 數(shù)據(jù)預(yù)處理工具
…… …… ……

注:硬件價(jià)格變化快,以最終簽訂合同時(shí)為準(zhǔn)

產(chǎn)品購(gòu)買與部署

沒(méi)有定制化開(kāi)發(fā),用戶確定產(chǎn)品功能且硬件完成部署后,一個(gè)月內(nèi)完成軟件部署和測(cè)試,并交付使用

如有定制化開(kāi)發(fā)需求,根據(jù)具體需求確定周期

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